| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
|
Data corrente: |
04/07/2006 |
|
Data da última atualização: |
19/12/2012 |
|
Autoria: |
BRAZ, E. M.; AMARO, M. A.; SILVA, Z. A. A. G. P. G. e; CAVALCANTE, F. J. de B.; SILVA, E. R. da. |
|
Título: |
Floresta Estadual do Antimary: v. 1 estudos básicos. |
|
Ano de publicação: |
1996 |
|
Fonte/Imprenta: |
Rio Branco, AC: FUNTAC: ITTO, 1996. |
|
Volume: |
v. 1 |
|
Páginas: |
198 p. |
|
Idioma: |
Português |
|
Palavras-Chave: |
Acre; Brasil; Floresta Antimary; Manejo florestal. |
|
Thesagro: |
Bambu; Calycophyllum Spruceanum; Ecologia; Ecossistema; Etnobôtanica; Inventário Florestal; Mulateiro; Regeneração Natural. |
|
Thesaurus Nal: |
Amazonia. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
Marc: |
LEADER 00848nam a2200325 a 4500
001 1281584
005 2012-12-19
008 1996 bl uuuu 00u1 u #d
100 1 $aBRAZ, E. M.
245 $aFloresta Estadual do Antimary$bv. 1 estudos básicos.
260 $aRio Branco, AC: FUNTAC: ITTO$c1996
300 $a198 p. v. 1
490 $vv. 1
650 $aAmazonia
650 $aBambu
650 $aCalycophyllum Spruceanum
650 $aEcologia
650 $aEcossistema
650 $aEtnobôtanica
650 $aInventário Florestal
650 $aMulateiro
650 $aRegeneração Natural
653 $aAcre
653 $aBrasil
653 $aFloresta Antimary
653 $aManejo florestal
700 1 $aAMARO, M. A.
700 1 $aSILVA, Z. A. A. G. P. G. e
700 1 $aCAVALCANTE, F. J. de B.
700 1 $aSILVA, E. R. da
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
Registro Completo
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
|
Data corrente: |
06/09/2012 |
|
Data da última atualização: |
23/01/2020 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
|
Autoria: |
PEREIRA, F. C. P.; MOKRY, F. B.; REGITANO, L. C. A.; GIACHETTO, P. F. |
|
Afiliação: |
FERNANDA C. P. PEREIRA, PUC Campinas, Bolsista PIBIC/CNPq; FABIANA B. MOKRY, UFSCar; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA. |
|
Título: |
Identificação de variações no número de cópias de regiões do genoma (CNVs) em bovinos da raça canchim. |
|
Ano de publicação: |
2012 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO INTERINSTITUCIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 6., 2012, Jaguariúna. Anais... Jaguariúna: Embrapa; ITAL, 2012. |
|
Páginas: |
p. 1-10. |
|
Idioma: |
Português |
|
Notas: |
CIIC 2012. No 12604. |
|
Conteúdo: |
A tecnologia de genotipagem de marcadores do tipo SNP, baseada no emprego de chips de DNA de alta densidade, tornou possível a detecção de variações no número de cópias (CNVs, do inglês Copy Number Variation) de regiões de um genoma. Essas alterações, resultantes de duplicações ou deleções de trechos do genoma, podem contribuir para a variação fenotípica observada entre indivíduos, incluindo humanos, animais e plantas. Em animais de produção, estudos recentes reportaram a associação de CNVs com níveis de proteína e gordura no leite, vida útil de rebanhos leiteiros e susceptibilidade a nematóides em bovinos Angus. Assim, com base nessa importância, este trabalho apresenta a construção de um pipeline de bioinformática para identificação e análise de CNVs a partir de dados de genotipagem utilizando chips de DNA de alta densidade. Para a execução do pipeline, que se baseia no uso da ferramenta PennCNV para a detecção de CNVs, e em programas e scripts in house, desenvolvidos nas linguagens Perl, Shell AWK e Split, foram utilizados dados da genotipagem de bovinos Canchim com o chip BovineHD BeadChip (Illumina®). Os programas foram desenvolvidos para realizar a conversão entre formatos de arquivos submetidos à análise, e também para a configuração, classificação e apresentação dos resultados gerados pelo pipeline. Nesta última etapa, as informações relacionadas aos CNVs identificados poderão ser visualizadas em uma planilha, além de gráficos e também em um navegador, na forma de um Genome Browser. Isso permite visualizar o locus genômico de cada CNV e sua relação com outros elementos genéticos, como genes, regiões regulatórias e micro RNAs, dentre outras. Os próximos passos do trabalho envolvem a integração do pipeline desenvolvido com uma plataforma Web de bioinformática, o Galaxy, para que a ferramenta seja amplamente disponibilizada para a comunidade científica, ampliando sua utilização e tornando possível seu aperfeiçoamento pelos usuários. MenosA tecnologia de genotipagem de marcadores do tipo SNP, baseada no emprego de chips de DNA de alta densidade, tornou possível a detecção de variações no número de cópias (CNVs, do inglês Copy Number Variation) de regiões de um genoma. Essas alterações, resultantes de duplicações ou deleções de trechos do genoma, podem contribuir para a variação fenotípica observada entre indivíduos, incluindo humanos, animais e plantas. Em animais de produção, estudos recentes reportaram a associação de CNVs com níveis de proteína e gordura no leite, vida útil de rebanhos leiteiros e susceptibilidade a nematóides em bovinos Angus. Assim, com base nessa importância, este trabalho apresenta a construção de um pipeline de bioinformática para identificação e análise de CNVs a partir de dados de genotipagem utilizando chips de DNA de alta densidade. Para a execução do pipeline, que se baseia no uso da ferramenta PennCNV para a detecção de CNVs, e em programas e scripts in house, desenvolvidos nas linguagens Perl, Shell AWK e Split, foram utilizados dados da genotipagem de bovinos Canchim com o chip BovineHD BeadChip (Illumina®). Os programas foram desenvolvidos para realizar a conversão entre formatos de arquivos submetidos à análise, e também para a configuração, classificação e apresentação dos resultados gerados pelo pipeline. Nesta última etapa, as informações relacionadas aos CNVs identificados poderão ser visualizadas em uma planilha, além de gráficos e também em um navegador, na forma de um... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Bioinformática; Genotipagem de marcadores SNP; Software. |
|
Thesaurus NAL: |
Bioinformatics. |
|
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/65690/1/RE12604.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02801nam a2200217 a 4500
001 1933185
005 2020-01-23
008 2012 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aPEREIRA, F. C. P.
245 $aIdentificação de variações no número de cópias de regiões do genoma (CNVs) em bovinos da raça canchim.$h[electronic resource]
260 $aIn: CONGRESSO INTERINSTITUCIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 6., 2012, Jaguariúna. Anais... Jaguariúna: Embrapa; ITAL$c2012
300 $ap. 1-10.
500 $aCIIC 2012. No 12604.
520 $aA tecnologia de genotipagem de marcadores do tipo SNP, baseada no emprego de chips de DNA de alta densidade, tornou possível a detecção de variações no número de cópias (CNVs, do inglês Copy Number Variation) de regiões de um genoma. Essas alterações, resultantes de duplicações ou deleções de trechos do genoma, podem contribuir para a variação fenotípica observada entre indivíduos, incluindo humanos, animais e plantas. Em animais de produção, estudos recentes reportaram a associação de CNVs com níveis de proteína e gordura no leite, vida útil de rebanhos leiteiros e susceptibilidade a nematóides em bovinos Angus. Assim, com base nessa importância, este trabalho apresenta a construção de um pipeline de bioinformática para identificação e análise de CNVs a partir de dados de genotipagem utilizando chips de DNA de alta densidade. Para a execução do pipeline, que se baseia no uso da ferramenta PennCNV para a detecção de CNVs, e em programas e scripts in house, desenvolvidos nas linguagens Perl, Shell AWK e Split, foram utilizados dados da genotipagem de bovinos Canchim com o chip BovineHD BeadChip (Illumina®). Os programas foram desenvolvidos para realizar a conversão entre formatos de arquivos submetidos à análise, e também para a configuração, classificação e apresentação dos resultados gerados pelo pipeline. Nesta última etapa, as informações relacionadas aos CNVs identificados poderão ser visualizadas em uma planilha, além de gráficos e também em um navegador, na forma de um Genome Browser. Isso permite visualizar o locus genômico de cada CNV e sua relação com outros elementos genéticos, como genes, regiões regulatórias e micro RNAs, dentre outras. Os próximos passos do trabalho envolvem a integração do pipeline desenvolvido com uma plataforma Web de bioinformática, o Galaxy, para que a ferramenta seja amplamente disponibilizada para a comunidade científica, ampliando sua utilização e tornando possível seu aperfeiçoamento pelos usuários.
650 $aBioinformatics
653 $aBioinformática
653 $aGenotipagem de marcadores SNP
653 $aSoftware
700 1 $aMOKRY, F. B.
700 1 $aREGITANO, L. C. A.
700 1 $aGIACHETTO, P. F.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
| Expressão de busca inválida. Verifique!!! |
|
|
